9 декабря 1921 года ВЦИК и Совет Труда и Обороны приняли постановление об охране железных дорог, положившее начало ведомственной охране путей сообщения. После окончания Гражданской войны требовалось поскорее перевести народное хозяйство на рельсы мирной жизни. Это касалось и Сибирской магистрали. Для того чтобы усилить руководство железной дороги на местах, постановлением НКПС еще в мае 1920 года был учрежден Сибирский округ путей сообщения (СИБОПС). В ноябре 1921 года Омская, Томская и Забайкальская дороги, подчиненные Управлению железных дорог СИБОПС, были преобразованы в восемь линейных отделов: Тюменский, Челябинский, Омский, Новониколаевский, Барнаульский, Томский, Красноярский, Иркутский. При каждом из них создавались линейные части вооруженной сторожевой охраны.

Численность линейных частей определялась объемом намеченных задач, протяженностью линий, грузооборотом и количеством охраняемых объектов. Самой многочисленной на тот момент была третья часть, Омская – 368 охранников. Общая структура охраны определялась следующим образом: на дороге при начальнике дороги – отделы охраны дорог; на отделениях – отделы охраны отделений. На линии – районы охраны, состоявшие из нескольких команд различной численности. Летом 1923 г. восемь линейных отделов СИБОПСа были укрупнены до четырех: Омский (Челябинск, Тюмень, Татарская), Томский (Барабинск, Боготол, Томск, Топки), Барнаульский и Иркутский отделы.

С 1 января 1924 г. проведена ещё одна реорганизация – был упразднен СИБОПС. Сеть сибирских железных дорог разделилась на три дороги: Омскую, Томскую (путем объединения Томского и Барнаульского линейных отделов) и Забайкальскую. В состав образованных управлений железных дорог, кроме основных служб, вошли служба охраны и пожарная служба. В 1930 г. пожарная охрана объединилась со стрелковой охраной. Личный состав пожарных команд, войдя в ведение стрелковой охраны, военизировался. Из года в год железнодорожная охрана несла всё больший груз обязанностей, всё важнее становились её функции.

Годы Великой Отечественной войны – особенно тяжелый период для военизированной охраны железных дорог - количество перевозимых грузов увеличилось в несколько раз, а людей для их сопровождения катастрофически не хватало. Большинство стрелков и пожарных ушло на фронт, их заменили женщины. В обстановке военного времени им было сложно обеспечивать безопасность транспорта и железнодорожных объектов. Поэтому охрана грузов в пути следования и в парках станций была передана в ведение войск НКВД. За пожарными и стрелковыми подразделениями осталась охрана грузовых дворов, складов, пакгаузов, а также противопожарная безопасность. В послевоенный период войска МВД были освобождены от охраны грузов в парках станций и в пути следования, а военизированной охране МПС были возвращены прежние функции.

15 мая 1961 г. путем объединения Томской и Омской железных дорог была образована Западно-Сибирская железная дорога. В ее состав вошли Омский, Барабинский, Новосибирский, Тайгинский, Новокузнецкий и Барнаульский отряды военизированной охраны. Первым начальником отдела военизированной охраны Западно-Сибирской железной дороги стал Николай Евменович Клименко (1961-1977 гг) Затем на протяжении 20 лет, с 1977 по 1997 годы, отделом, а позднее службой военизированной охраны ЗСЖД, руководил Вячеслав Давыдович Поляков. В декабре 1996 г. вышло Постановление Правительства РФ «О присоединении Кемеровской железной дороги к Западно-Сибирской железной дороге».

В 1997 г., после объединения Западно-Сибирской и Кемеровской железных дорог, в состав военизированной охраны дороги вошли Омский, Новосибирский, Барнаульский и Кузбасский отряды. Службу военизированной охраны Западно-Сибирской железной дороги возглавил Николай Федорович Долгих. Под его руководством произошло коренное улучшение работы подразделений ведомственной охраны, резко возросла ее эффективность. Были предприняты энергичные шаги по полному техническому переоснащению подразделений, модернизации и обновлению материальной базы, внедрению новейших технических средств охраны, укреплению дисциплины, повышению престижа и авторитета службы ведомственной охраны.

На практике объединение произошло в начале 1997 г., после чего Новокузнецкий и Тайгинский отряды были объединены в один – Кузбасский отряд военизированной охраны. Очень важными в цепи происшедших перемен стали повышение уровня персональной ответственности всех работников за порученный участок работы, рост активности и инициативы руководителей всех рангов, осознание каждым необходимости честного и добросовестного труда. Комплекс принятых мер позволил поднять на высокий уровень все показатели служебной и хозяйственной деятельности. В 2001 г. служба военизированной охраны Западно-Сибирской железной дороги была преобразована в службу ведомственной охраны.

В 2003 г. начался процесс реформирования ведомственной охраны. Большую помощь в понимании процесса реформирования и организации работы ведомственной охраны в новых условиях оказало проведение общесетевого совещания с начальниками служб 23-24 апреля 2003 г. в г. Новосибирске на базе службы ведомственной охраны Западно-Сибирской железной дороги под руководством начальника Управления ведомственной охраны МПС В.А. Букреева. 1 августа 2003 г. был создан филиал ФГП ВО МПС России на Западно-Сибирской железной дороге, директором которого был назначен Николай Федорович Долгих. В 2005 году в соответствии с распоряжением правительства РФ № 432Р ведомственная охрана МПС передана в ведение Федерального агентства железнодорожного транспорта и переименована в ведомственную охрану железнодорожного транспорта (ЖДТ) России.